Historia ośrodka szkolącego formacje graniczne w Kętrzynie datuje się od 1949 roku, kiedy to Centrum Wyszkolenia Wojsk Ochrony Pogranicza znajdujące się w Ostródzie przemianowano na Oficerską Szkołę Wojsk Ochrony Pogranicza i przeniesiono do Kętrzyna. Siedzibą szkoły został kompleks koszarowy na obrzeżach Kętrzyna powstały w latach 1897–1898. Stacjonowały w nim m.in. jednostki piechoty 4 Wschodniopruskiego Pułku Grenadierów im. Króla Fryderyka II.
Zapoczątkowane w 1989 roku zmiany ustrojowe w Polsce wpłynęły między innymi na decyzje władz odnośnie przebudowy i przystosowania systemu ochrony granic do nowych warunków społeczno-politycznych państwa. Wiązało się to z koniecznością przebudowy nie tylko systemu ochrony granicy państwowej, ale również szkolnictwa zawodowego.
Punktem wyjścia stała się uchwalona przez Sejm Rzeczypospolitej Polskiej 12 października 1990 roku Ustawa o Straży Granicznej, w oparciu o którą Minister Spraw Wewnętrznych wydał Zarządzenie Nr 47 z dnia 16 maja 1991 roku o rozformowaniu Wojsk Ochrony Pogranicza i utworzeniu Straży Granicznej. Natomiast Komendant Główny Straży Granicznej Zarządzeniem Nr 21 z dnia 7 maja 1991 roku powołał do życia Centrum Szkolenia Straży Granicznej w miejsce Centrum Szkolenia WOP.
Po roku od utworzenia Centrum Komendant Główny Straży Granicznej ppłk dypl. Krzysztof Janczak decyzją z dnia 6 lipca 1992 roku nadał Centrum Szkolenia SG Sztandar, którego uroczyste wręczenie nastąpiło w dniu 14 listopada 1992 roku.
Kolejnym etapem historii ośrodka było nadanie imienia, które nastąpiło w dniu16 maja 2007 roku. Na wniosek Komendanta Centrum Szkolenia Straży Granicznej w Kętrzynie, Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji nadał Centrum Szkolenia Straży Granicznej w Kętrzynie imię „Żołnierzy Korpusu Ochrony Pogranicza”.
Następstwem otrzymania imienia przez ośrodek szkolenia była kolejna zmiana sztandaru. W dniu 5 maja 2008 roku Minister Spraw Wewnętrznych na wniosek Komendanta Głównego Straży Granicznej nadał Centrum nowy sztandar ufundowany przez Społeczeństwo Ziemi Warmińsko-Mazurskiej.
Konieczność dostosowania Straży Granicznej do standardów Unii Europejskiej to nieustanna potrzeba przeciwdziałania, ujawniania i zwalczania przestępczości związanej z ruchem granicznym, nielegalną migracją, aktami terroru, fałszerstwami dokumentów, przemytem narkotyków, szkodliwych substancji promieniotwórczych, chemicznych i biologicznych odpadów, przemytem towarów i skradzionych samochodów. Zwiększający się ruch graniczny oraz wyposażanie Straży Granicznej w coraz nowocześniejszy sprzęt techniczny sprawiło, że Centrum Szkolenia Straży Granicznej w Kętrzynie w procesie kształcenia skupia swój wysiłek na jak najlepszym, profesjonalnym przygotowaniu funkcjonariuszy do ochrony granicy Rzeczpospolitej Polskiej.
W ciągu ponad 30 lat od powołania Straży Granicznej Centrum Szkolenia SG przeszkoliło dotychczas ponad 130 tys. słuchaczy (stan na 31.12.2021 r.).
W Centrum Szkolenia SG realizowane są zajęcia z zakresu ochrony granicy państwowej, prawa, kryminalistyki, fałszerstw dokumentów, pirotechniki, bezpieczeństwa w komunikacji lotniczej, taktyki i techniki interwencji oraz języków obcych. Wszystkie szkolenia, oprócz wyposażenia słuchaczy w określoną specjalistyczną wiedzę, mają za zadanie wyrobienie określonych nawyków i umiejętności koniecznych podczas wykonywania codziennych obowiązków służbowych. Zajęcia prowadzone są w bardzo dobrze wyposażonych w sprzęt salach specjalistycznych, jak również w realnych warunkach służby granicznej jednostek organizacyjnych Warmińsko-Mazurskiego Oddziału SG.